Film jest kontynuacją „Genezy planety małp”. W tej części poznajemy dalszy ciąg historii przejęcia panowania nad naszą planetą przez inteligentne małpy. Rasa genetycznie zmutowanych małp pod wodzą Cezara walczy z ludźmi, którzy przetrwali atak śmiertelnego wirusa, siejącego spustoszenie dziesięć lat wcześniej. Nie udaje się osiągnąć rozejmu, świat staje na krawędzi wojny. Zwycięzcy staną się dominującym gatunkiem na Ziemi.